Stjórn Tónlistarmiðstöðvar er skipuð fulltrúum stofnaðila hennar, en það eru STEF, Félag hljómplötuframleiðenda, Félag íslenskra hljómlistarmanna, Félag kennara og stjórnenda í tónlistarskólum, Tónskáldafélag Íslands og Menningar, nýsköpunar, og háskólaráðuneyti.